В настоящее время БЕН РАН находится в ведении Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (Минобрнауки России). Научно-методическое руководство Библиотекой осуществляет Отделение нанотехнологий и информационных технологий РАН.

Библиотека является членом Российской библиотечной ассоциации, членом Ассоциации региональных библиотечных консорциумов АРБИКОН, членом Национального информационно-библиотечного центра Либнет, членом Ассоциации пользователей научно-образовательных сетей RELARN.

Библиотека создана на базе Сектора сети специальных библиотек Академии наук СССР, который был образован в тридцатые годы XX-го века в связи с переводом в Москву Президиума Академии наук и ряда научно-исследовательских академических учреждений.

В организации Библиотеки решающее значение имела инициатива и активное участие крупнейших ученых страны, в первую очередь, Президента АН СССР академика М. В. Келдыша, а также академиков П. Л. Капицы, А. Н. Несмеянова, Н. Н. Семёнова, В. В. Меннера и многих других.

В конце 1970-х годов БЕН АН СССР объединяла около трехсот библиотек академических институтов естественнонаучного профиля от Калининграда до Владивостока. Появилась уникальная по структуре и самая крупная по объему и разнообразию форм информационно-библиотечного обслуживания библиотечная система.

С момента организации Библиотеки руководством был взят курс на ее инновационное развитие — использование передовых технических достижений в практике информационно-библиотечного обеспечения научных исследований. Большое внимание уделялось управлению ЦБС, формированию наиболее представительного фонда иностранных изданий, регулярному проведению выставок научно-технической литературы ведущих зарубежных издательств. Активно развивались международные связи — книгообмен с зарубежными библиотеками, научное сотрудничество с крупнейшими мировыми информационными, библиотечными и издательскими центрами, такими как ISI (США), Библиотека Конгресса США, Springer Verlag (Германия), Elsevier (Нидерланды) и многими др.

Даты:

1973 — Создание Библиотеки по естественным наукам (постановления Госкомитета Совета министров СССР по науке и технике от 2 марта 1973 года № 16 и Президиума АН СССР от 22 марта 1973 года № 226 «Об организации Центральной библиотеки Академии наук СССР по естественным наукам»).

1986 — Библиотека по естественным наукам АН СССР отнесена к числу научно-исследовательских институтов (распоряжения Совета министров СССР от 6 ноября 1986 года № 2246р и Президиума АН СССР от 18 декабря 1986 года № 10115–2270).

1997 — БЕН РАН включена в число федеральных органов научно-технической информации, обеспечивающих формирование, ведение и организацию использования федеральных информационных фондов, баз и банков данных по различным видам источников научно-технической информации в области естественных наук (постановление Правительства РФ «Об утверждении положения о государственной системе научно-технической информации» от 24 июля 1997 года № 250).

2011
— Научно-методическое руководство Библиотекой возложено на Отделение нанотехнологий и информационных технологий Российской академией наук (постановление Президиума РАН от 25 января 2011 г. № 14).
— Библиотека получает наименование: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Библиотека по естественным наукам Российской академии наук (постановление Президиума РАН от 13 декабря 2011 г. № 262).

В состав БЕН РАН входит  44 отдела, обслуживающих академические институты, включая Пущинский, Черноголовский, Троицкий научные центры и НИИ региональных научных центров.

Библиотека по естественным наукам РАН является научно-исследовательским институтом, состоящим при Президиуме РАН. Научно-методическое руководство Библиотекой осуществляет Отделение нанотехнологий и информационных технологий РАН. Библиотека проводит научные исследования в области информатики, библиотековедения, библиографоведения и науковедения.

Главной целью БЕН РАН является информационно-библиотечное обеспечение сотрудников РАН ведущих исследования в области естественных и точных наук; выполнение работ в области библиотековедения, библиографоведения, науковедения и информатики в соответствии с основными научными направлениями:

• Системы автоматизации информационно-библиотечной деятельности. Сетевые технологии в информационно-библиотечном обеспечении научных исследований.
• Электронные библиотеки, хранилища данных, инновационные методы доступа к культурному и научному наследию.
• Библиометрический анализ научных исследований.
• Лингвистические средства информационно-библиотечных систем.
• История, современное состояние и тенденции развития библиотечных систем. Управление централизованными библиотечными системами.