В обменном фонде БЕН РАН имеются книги по естественнонаучной тематике для обмена и докомплектования фондов библиотек системы РАН и библиотек других ведомств. Отдел также предлагает купить дублетные издания книг, исключённые из фондов БЕН РАН, не входящим в систему РАН библиотекам и частным лицам.